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La taille maximale de la partition sous DOS est limitée par le système de fichiers qu'elle utilise . DOS utilise principalement les systèmes de fichiers FAT12, FAT16 et (moins fréquemment) FAT32. Ces systèmes de fichiers ont des limitations inhérentes sur la taille maximale d'une partition :
* FAT12 : Très petit, ne prenant généralement en charge que des partitions allant jusqu'à quelques mégaoctets. Pas pratique pour quoi que ce soit au-delà des très petits systèmes DOS.
* FAT16 : Peut prendre en charge des partitions jusqu'à 2 Go, bien que la limite pratique soit souvent un peu plus petite en fonction de la taille du cluster utilisé.
* FAT32 : Peut théoriquement prendre en charge des partitions jusqu'à 2 To, bien que les limitations pratiques et le besoin d'outils spécifiques conduisent souvent à l'utilisation de tailles plus petites pour les lecteurs DOS amorçables.
Par conséquent, il n’y a pas de « taille maximale » unique mais plutôt un maximum déterminé par le système de fichiers utilisé. Pour des raisons pratiques, il est très peu probable qu'un contenu nettement supérieur à 2 Go fonctionne de manière fiable avec une installation DOS standard et des systèmes de fichiers FAT typiques. L'utilisation d'un système de fichiers différent nécessiterait d'aller au-delà des limitations standard du DOS.
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