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L'un des avantages d'un modèle physique en forme de balle et de bâton par rapport à un modèle graphique est la compréhension et manipulation spatiales améliorées. . Vous pouvez physiquement faire pivoter et manipuler le modèle pour visualiser la molécule sous différents angles et mieux comprendre sa structure tridimensionnelle et ses relations entre les atomes. Ceci est plus difficile à réaliser avec des représentations 2D statiques ou même avec des modèles 3D interactifs sur écran, en particulier pour les molécules complexes.
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