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Un inconvénient majeur de l'utilisation de FTP à partir de la ligne de commande est son manque de sécurité. . FTP transmet les données en texte brut, ce qui signifie que les noms d'utilisateur, les mots de passe et les données elles-mêmes sont facilement interceptés par toute personne surveillant le trafic réseau. Cela le rend très vulnérable aux écoutes clandestines et aux attaques de l’homme du milieu. Bien que SFTP (SSH File Transfer Protocol) offre une alternative sécurisée, il s'agit d'un protocole totalement différent, et non d'une fonctionnalité du FTP en ligne de commande standard.
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