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SAM signifie Sequence Alignment Map et est un format standard pour stocker les données d'alignement de séquence. Les fichiers SAM se trouvent généralement dans le même dossier ou répertoire que les autres données d'entrée, telles que les fichiers FASTA ou FASTQ. Ils peuvent également être trouvés dans le dossier de sortie ou le répertoire d’un programme d’analyse de séquence.
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