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Le SDF (Structure Data Format) est principalement utilisé pour représenter les structures chimiques des molécules . Il s'agit d'un format de fichier largement utilisé en chimioinformatique et en chimie computationnelle. Un fichier SDF peut contenir une ou plusieurs molécules, chacune avec ses informations structurelles associées, et éventuellement des propriétés supplémentaires.
Les informations codées dans un fichier SDF peuvent inclure :
* Connectivité moléculaire : Les atomes et les liaisons qui composent la molécule.
* Types d'atomes : Le type d'élément de chaque atome (par exemple, C, H, O, N).
* Coordonnées de l'atome (3D) : La localisation spatiale de chaque atome, permettant de visualiser la structure 3D de la molécule.
* Propriétés moléculaires : Diverses données associées à la molécule, telles que le poids moléculaire, le logP (coefficient de partage octanol-eau), la chaîne SMILES, InChI Key, etc.
Les fichiers SDF sont généralement basés sur du texte et utilisent un format spécifique avec des lignes commençant par `> ` pour désigner les propriétés et les blocs de données contenant les informations sur les atomes et les liaisons. Leur flexibilité les rend adaptés au stockage de grandes collections de structures moléculaires et de leurs données associées, ce qui en fait un choix populaire pour les bases de données et les applications de criblage virtuel.
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