L'imagerie numérique en microscopie a fait des progrès remarquables au cours des dernières années et est capable d'égaler ou de dépasser la qualité de l'imagerie du film. Le logiciel qui est utilisé pour stocker et traiter les images est également de plus en plus avancé. Multidimensionnelles imagerie paquets avancés peuvent capturer, gérer et analyser les données et afficher l'imagerie multidimensionnelle de six dimensions : X , Y, Z , Lambda (longueur d'onde ), T et les points à plusieurs étages . Images 3D peuvent être visualisées que le logiciel rend séquences d'images dans différentes dimensions . Profondeur de champ images qui ont été capturées à différents niveaux de mise au point peut être utilisée pour créer une image tout-en -focus. logiciel d'imagerie de base de données de gestion de Modern microscope permet de gérer des bases de données d'images, données à l'appui d'image et méta . Les images peuvent être classés dans les bases de données et des tables pour le filtrage , le tri et le regroupement multiple. Les données d'image peuvent être exportés vers un tableur pour une analyse ultérieure. Déconvolution images 3D fluorescents peuvent être améliorées en réduisant la brume et le flou de l'image.
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