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Il existe plusieurs façons d'ouvrir un fichier PDB.
Utilisez un éditeur de texte.
Les fichiers PDB sont des fichiers texte brut, vous pouvez donc les ouvrir avec n'importe quel éditeur de texte, tel que le Bloc-notes ou WordPad. Cependant, vous ne pourrez pas visualiser la structure 3D de la molécule dans un éditeur de texte.
Utilisez un visualiseur PDB.
Il existe de nombreux visualiseurs PDB différents, gratuits et commerciaux. Certaines options populaires incluent :
- PyMOL : Un visualiseur PDB gratuit et open source avec un large éventail de fonctionnalités.
- VMD : Un visualiseur PDB gratuit et open source particulièrement adapté à la visualisation de grosses molécules.
- Chimère : Un visualiseur PDB commercial connu pour son interface conviviale et son ensemble complet de fonctionnalités.
Pour ouvrir un fichier PDB dans une visionneuse PDB, sélectionnez simplement l'élément de menu Fichier> Ouvrir et accédez au fichier PDB que vous souhaitez ouvrir. Le visualiseur PDB chargera ensuite le fichier et affichera la structure 3D de la molécule.
Utilisez un navigateur Web.
Il existe également un certain nombre de navigateurs Web capables d'afficher les fichiers PDB. Certaines options populaires incluent :
- Banque de données sur les protéines RCSB : Le site officiel de la Protein Data Bank, qui héberge une large collection de fichiers PDB.
- Visionneuse Mol* : Un visualiseur PDB Web gratuit et open source qui vous permet de visualiser la structure 3D des molécules dans votre navigateur Web.
- JSmol : Un visualiseur PDB gratuit et open source basé sur Java qui vous permet de visualiser la structure 3D des molécules dans votre navigateur Web.
Pour ouvrir un fichier PDB dans un navigateur Web, copiez et collez simplement l'ID PDB dans la barre de recherche du navigateur Web. Le navigateur web chargera ensuite le fichier PDB et affichera la structure 3D de la molécule.
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