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Le format de fichier FASTA est un format basé sur du texte utilisé pour représenter des séquences nucléotidiques et peptidiques avec des codes d'une seule lettre . Le format a commencé avec le progiciel FASTA , qui a été développé à l'Université de Virginie. Le format FASTA est devenu un standard dans le domaine de la bioinformatique . Il est possible de télécharger le logiciel FASTA et créer et comparer des séquences sur votre ordinateur Mac. Choses que vous devez
programme exécutable FASTA pour Mac OS X
Terminal programme
Afficher plus Instructions
1 Télécharger un fichier exécutable de FASTA construit pour Mac OS X ( voir la Ressource 1 ) . Professeur WR Pearson de l'Université de Virginie dispose d'un site avec le code source et les fichiers exécutables binaires pour un certain nombre de plates-formes . En Février 2012, la dernière version binaire de FASTA pour Mac OS X est FASTA 35.4.11.macosxuniv.tar.gz .
2 Ouvrez une fenêtre du Finder et naviguez en utilisant la barre latérale gauche de votre dossier de téléchargement . Double- cliquez sur le fichier binaire exécutable FASTA que vous avez téléchargé . Cela va décompresser et décompressez le package pour créer un sous- dossier nommé " FASTA 35.4.11 " dans votre dossier de téléchargement.
3 Ouvrez une fenêtre de terminal et allez dans votre dossier Téléchargements à partir de la ligne de commande . La commande dans le Terminal sera "CD Téléchargements" si vous utilisez les paramètres par défaut du système. Dans le dossier Téléchargements , tapez " cd FASTA 35.4.11 " pour entrer dans le dossier FASTA .
4 Type de la commande " bin/fasta35 -q seq/mgstm1.aa seq /prot_test . LSEG »dans la fenêtre du Terminal . Ceci lancera une séquence de requêtes de test contre une bibliothèque de test. Si cette commande s'exécute correctement , vous verrez un résumé des temps d'analyse et de résidus de séquence.
5 Faire un fichier FASTA en utilisant n'importe quel éditeur de texte, tel que l'application TextEdit ou la commande vi du terminal . Un fichier FASTA est un simple fichier texte . La première ligne du fichier doit contenir un caractère "> " suivi d'un identificateur de séquence . Votre fichier FASTA doit contenir une séquence d'ADN sur les lignes restantes .
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