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Les ordinateurs hybrides, tout en combinant les atouts des systèmes analogiques et numériques, souffrent également de plusieurs inconvénients :
  
 * Complexité et coût : La conception, la construction et la maintenance d'un ordinateur hybride sont nettement plus complexes et coûteuses qu'un système purement analogique ou numérique. Cette complexité résulte de la nécessité d’interfacer deux paradigmes informatiques fondamentalement différents, nécessitant du matériel et des logiciels spécialisés. Le coût plus élevé dépasse souvent les avantages pour de nombreuses applications.  
  
 * Difficultés de programmation et de débogage : La programmation d'un ordinateur hybride nécessite une expertise dans les techniques de programmation analogique et numérique. Le débogage peut s'avérer extrêmement difficile, car les erreurs peuvent provenir des composants analogiques ou numériques, et leur interaction peut être imprévisible. Le manque d’outils standardisés complique encore davantage le processus.  
  
 * Applicabilité limitée : Les ordinateurs hybrides ne sont pas universellement applicables. Leurs points forts résident dans des niches spécifiques où la combinaison du traitement continu et discret est véritablement bénéfique. Pour de nombreuses applications, une approche purement numérique ou analogique s’avère plus efficace et plus rentable.  
  
 * Limites de précision : Bien qu’ils offrent certains avantages dans des contextes spécifiques, les systèmes hybrides peuvent néanmoins souffrir de limitations en termes de précision. Les composants analogiques sont intrinsèquement sensibles au bruit et à la dérive, ce qui entraîne des inexactitudes dans les calculs. Un calibrage et une conception minutieux sont nécessaires pour atténuer ce problème, ce qui ajoute encore à la complexité et aux coûts.  
  
 * Défis de maintenance : La maintenance d’un système hybride nécessite des connaissances et des compétences spécialisées en électronique analogique et numérique. Trouver des techniciens possédant une expertise dans ces deux domaines peut s'avérer difficile, ce qui augmente les coûts de maintenance et les temps d'arrêt.  
  
 * Obsolescence technologique : La technologie qui sous-tend les ordinateurs hybrides est relativement mature et moins développée que les systèmes purement numériques. Cela peut entraîner des difficultés pour obtenir des pièces de rechange ou pour mettre à niveau le système. La domination de l'informatique numérique a entraîné un déclin du support et de l'expertise pour les composants analogiques.  
  
  
 En résumé, les inconvénients proviennent en grande partie des défis inhérents à l’intégration de deux technologies disparates. Bien qu'ils offrent des avantages spécifiques dans un nombre limité d'applications, ces avantages sont souvent contrebalancés par les coûts, la complexité et les exigences de maintenance plus élevés.
 
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